Muradiye Medresesi restorasyondan sonra, yeniden işlevlendirilerek Kuran ve El Yazmaları Müzesi olarak 2018 tarihinde hizmete açılmıştır. Büyükşehir Belediyesi tarafından Bursa’ya kazandırılan müzede, medrese binasının odaları ve revakı tamamen sergi alanı olarak kullanılmaktadır. Üzeri kapatılan avluya ise etkinlik ve atölye alanı olarak işlevlendirilmiştir. Medreseye giriş, sağ odadan başlanmak üzere sırası ile 10. odaya kadar, Kur’an -ı Kerim’in ilk nazil olduğu zamandan günümüze Kur’an’ın yazılışındaki aşamalar, kronolojik olarak izlenmektedir. Hat sanatıyla beraber diğer İslam kitap sanatları arasında yer alan cilt, tezhip, minyatür ve ebru sanatı ile ilgili örneklerin yanında, bu kitap sanatlarının yapım aşamalarını gösteren kısa video çekimlerine de yer verilmiştir. Medreseye girişin tam karşı cephesinde yeralan ana eyvanda ise 18. yüzyıla tarihlenen Sultan Murad Hüdavendigar türbesi sanduka örtüsü ve Bursa’da medfun olan diğer sultan isimlerinin yazılı olduğu levhalar sergilenmektedir.